Die Anfänge der Tibetischen Medizin liegen in der vorbuddhistischen Ära der Bön-Religion. Für die Anhänger bedeutet das Wort Bön so viel wie „Wahrheit, Wirklichkeit“ und „Wahre Lehre“. Die Bön Tradition versteht Krankheit als Missklang zwischen dem Menschen und den Naturkräften (Götter und Dämonen). In dieser Tradition wird auf schamanische Weise behandelt. Es gab im tibetischen Kulturraum schon 1000 v. u. Z. eine auf dem Bön [1] aufbauende alte schamanische [2] Tradition und eine magisch-medizinische Arzneimittelkunde. Tibet hatte schon in dieser Zeit den Ruf, das Land der Heilkräuter zu sein. Die überragende Qualität tibetischer Heilkräuter war im antiken China bekannt und wird bereits in frühen pharmakologischen Texten erwähnt.
Nach der Überlieferung der Bön war es Shenrab Miwoche, der erstmals die Lehren des Dzogchen [3] in dieser Welt lehrte, die "Essenz" aller höheren Lehren des Bön, die unmittelbar zur spirituellen Verwirklichung führen sollen. Ebenfalls umfasste es einzelne Heilpraktiken und die Naturheilkunde der Bön. Er soll um das Jahr 1856 v. Chr. geboren worden sein und alle damals zu findenden Traditionen des Bön in ein einheitliches religiöses System zusammengefasst haben.